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RでBioinformatics [R]

◇RでBioinformatics①







RNA-seqなどのNGS解析に"R"という完全無料のプログラムが非常に役に立ちます。ただ、プログラミング言語(R言語)で命令を入力しないといけないので、私のようにPCに疎い素人ではなかなかうまくいきません。備忘録も兼ねて、代表的なプログラムの動かし方、Figureの作り方を記しておこうと思います。


①Rのダウンロード

R projectのHPからダウンロードします。


②CRANの設定

Rを起動⇒「パッケージ」⇒「CRANミラーサイトの設定」へ進みます。国・地域の表示が出ますので、好きなところを選択します。物理的に近いところが良いでしょう。


③Bioconductorのインストール

NGS解析にはBioconductorというプログラムが必須です。以下のコマンドを入力するかC&Pしてください。


④各種パッケージのインストール

「パッケージ」⇒「パッケージのインストール」でインストールできます。

heatmap3: ヒートマップを作るときに役立ちます。

ggplot2: 様々な図を作るときに役立ちます。

calibrate: 図にannotationをつけるときに使います。

EdgeRまたはDESeq2: RNA-seqのcount dataを解析するために用います。これらはコマンド入力でインストールする必要があります。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq2")

biomaRt: 遺伝子IDの相互変換に役立ちます。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")


次回からはプログラムの動かし方を記したいと思います。



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